El centro de Pre-Primaria Bilingüe (Parvulitos), no cuentan con un local propio, en la actualidad los alumnos reciben sus clases en uno de los locales del Proyecto de Vivamos Mejor, por la misma situación que la escuela nacional ya no da abasto la demanda de alumnos que año en año va en aumento. En el presente año asistieron un total de 65 alumnos y laboran dos maestras, una de ellas es originaria del municipio de San Juan La Laguna y la otra es originario del mismo pueblo de San Marcos La Laguna, el sueldo de esta última es sufragada por los padres de familias de los alumnos y la otra maestra esta en la plaza presupuestada por el gobierno.

Es precaria la situación que presenta este centro educativo y por ende los problemas y necesidades. Para el próximo año se calcula un ingreso de alumnos mucho mas mayor que el de los años anteriores.

La Escuela Oficial Urbana Mixta Dr. Pedro Molina: En este centro educativo se estudia los niveles Pre-Primaria y Primaria. Es el centro educativo de mayor número de alumnos, en este año ingresaron un total de 551 alumnos, incluidos los alumnos de Pre-primaria Bilingüe ambas en jornada matutina, en dicho establecimiento laboran 24 maestros, 9 Plaza Presupuestada, 3 Plaza Municipal y 12 están por Contrato, solo dos de ellos son originarios del mismo pueblo San Marcos y el resto de San Pedro La laguna. Este establecimiento cuenta con 15 aulas, 9 aulas de las cuales es del edificio nuevo de tres niveles y los otros 6 en la escuela antigua, las instalaciones de este último cada vez mas se están deteriorando, no cuenta con areas deportivas propios.

Por la falta de más aulas y escritorios, se vio con la necesidad de trasladar a 5 secciones en las instalaciones del Instituto Mixto de Educación Básico. A continuación se reportan las siguientes tasas:

Tasa de Escolaridad 493 100%.
Tasa de Promoción 356 176%
Tasa de Deserción 53 23%
Tasa de Repittencia 53 23%
Analfabetismo. 00 00%

Entre las necesidades identificadas por los habitantes se encuentran los programas educativos están: La beca escolar, Alimento escolar, Proyectos y Programas de ONG’S. Las necesidades e intereses de la escuela consiste en: La construcción de mas aulas, mobiliarios, Pizarrones de Formica, Catedras, Equipos de Oficina, Sanitarios y una cancha de básquetbol.

El Instituto Mixto de Educación Básica por Cooperativa (IMEBC): Refiriéndose a la infraestructura hasta el momento no se tiene dificultades, pero se enfrentan con los problemas de la falta de escritorios, la falta de computadoras en la academia de computación y el mantenimiento por la falta de repuestos entre otros. A la fecha asisten un número de 86 alumnos de Primero a Tercero Grado y 14 catedráticos, la mayoría imparten diferentes cursos en los tres grados. Dicho centro educativo entro en función en el año de 1,999.

En el municipio de San Marcos La Laguna, existe una Biblioteca Comunal que esta a cargo de un grupo de personas de San Marcos, a sus alrededores se puede apreciar una buena fachada de la circulación, no así las instalaciones de la misma biblioteca. Los pocos libros con que se cuenta, solo tiene la capacidad de atender los grados de Pre-Primaria a Tercero básico. Como consecuencia de esta problemática los estudiantes del nivel diversificado y algunos universitarios se enfrentan con la necesidad de salir a otros pueblos en busca de los materiales de apoyo.